Det hovedforskel mellem exome og transcriptome er, at exome er den komplette sekvens af alle exoner i proteinkodende gener i genomet, hvorimod transkriptomet er samlingen af ​​messenger-RNA-molekyler afledt af proteinkodende gener. Desuden dækker exome 1-2% af den totale genom-sekvens, mens transkriptom udgør mindre end 4% af cellens samlede RNA.

Exome og transcriptome er to samlinger af sekvenser i proteinkodende gener i genomet. Begge har forskellige anvendelser i genomiske undersøgelser såvel som i sygdomsdiagnose.

Nøgleområder omfattet

1. Hvad er Exome - Definition, fakta, teknikker 2. Hvad er Transcriptome - Definition, fakta, teknikker 3. Hvad er lighederne mellem Exome og Transcriptome - Oversigt over fælles funktioner 4. Hvad er forskellen mellem Exome og Transcriptome - Sammenligning af vigtige forskelle

Nøglebegreber

Exon, Exome, mRNA, proteinkodende gener, transkriptom

Hvad er Exome

Exomet er samlingen af ​​exoner i de proteinkodende gener i genomet af en bestemt organisme. Genomets kodende sekvens er grupperet i gener, som enten kan kodes for proteiner eller RNA. I det prokaryote genom afbrydes den kodende sekvens ikke af andre sekvenser, mens genets kodende sekvens i det eukaryote genom afbrydes af ikke-kodende sekvenser kaldet introner. Derfor kaldes de klyngede kodende sekvenser for exoner.

Figur 1: Exons og Introns

I proteinkodende gener transskriberer RNA-polymerase introner såvel som exoner til precursoren mRNA under transkription. De inkorporerede introner fjernes under de følgende post-transkriptionelle ændringer. Den vigtigste teknologi, der anvendes i undersøgelsen af ​​eksomet, er hele-eksomsekventeringen (WES). WES er involveret i hybridiseringen af ​​det fragmenterede DNA i et bestemt genom for at identificere mål -DNA -sekvenserne efterfulgt af sekventering.

Hvad er Transcriptome

Transkriptom er det samlede sæt mRNA udtrykt i en celle. Det tegner sig for mindre end 4% af cellens samlede RNA. Da transkriptom specificerer proteomets sammensætning, bestemmer det den bestemte celles biokemiske kapacitet. Transkriptom af en bestemt celle kan heller ikke syntetiseres, og den kommer altid til dattercellen fra forældercellen under celledeling. Således er transkription, som er processen med at producere RNA, trin for vedligeholdelse af transkriptomet.

Figur 2: Transkriptom af pluripotent celle

På den anden side, selvom hver celle indeholder information til produktion af hele transkriptomet af arten, afhænger de udtrykkende gener i cellen også af miljøfaktorerne. De to hovedteknologier, der anvendes i undersøgelsen af ​​transkriptomer, er microarray og RNA-seq.

Ligheder mellem Exome og Transcriptome

Forskellen mellem Exome og Transcriptome

Definition

Exome refererer til den del af genomet, der består af exoner, som koder information til proteinsyntese, mens transkriptom refererer til summen af ​​alle messenger -RNA -molekylerne udtrykt i generne af en organisme. Hovedforskellen mellem exome og transcriptome er således selvforklarende fra denne definition.

Betydning

Eksomet er derfor det samlede sæt af exoner i de proteinkodende gener, mens transkriptomet er det samlede sæt mRNA udtrykt i cellen.

DNA eller RNA

Eksomet består også af DNA, mens transkriptom består af RNA.

Beløb

Exome repræsenterer 1-2% af det totale genom, mens transkriptom repræsenterer mindre end 4% af cellens samlede RNA.

Niveau

En anden forskel mellem exome og transkriptom er, at exomet er i det genomiske niveau, mens transkriptomet er i transkriptionsniveauet.

Teknikker

Desuden er hele-eksomsekventering teknikken til at bestemme eksomet, mens mikroarray og RNA-seq bestemmer transkriptomet.

Konklusion

Exomet er hele exonsættet i genomet bestemt af genomets WES. Derfor er exome et DNA-baseret koncept. Men transkriptom er et RNA-baseret koncept, da det er hele sættet af mRNA'er i cellen. Den største forskel mellem exome og transcriptome er deres koncept.

Reference:

1. Warr, Amanda et al. "Exome Sequencing: Nuværende og fremtidige perspektiver." G3: gener | Genomer | Genetik 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Web. 6. september 2018. Tilgængelig her2. Brun TA. Genomer. 2. udgave. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Kapitel 3, Transkriptomer og proteomer. Tilgængelig her

Billede høflighed:

1. "DNA exons introns" Af National Human Genome Research Institute-(Public Domain) via Commons Wikimedia 2. "Transkriptom af pluripotente celler" Af Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober, 2008), StemBook, red. Stamcelleforskningsfællesskabet, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. -[1] DirectStemBook Figur 2 Transkriptomet af pluripotente celler.Grskovic, M. og Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10. oktober 2008), StemBook, red. Stamcelleforskningsfællesskabet, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) via Commons Wikimedia